La humanidad, durante siglos, ha vivido bajo el asedio del mal. Diversos universos, colocados en paralelo, coexisten bajo un equilibrio frágil, cada uno con sus propios demonios y guardianes. Dicho equilibrio se ha roto, coincidentemente con la pérdida de una piedra mítica resguardada por la familia Koryuji. De esta manera, héroes célebres de Namco, Sega y Capcom deben pelear para restablecerlo en Project X Zone (se dice, según los japoneses, Project Cross Zone).

El ver un crossover de compañías ya no es raro en nuestro tiempo, y menos sin en él están involucrados personajes de cualquiera de las compañías involucradas. Sin embargo, lo interesante aquí es el hecho de que por fin los personajes que aparecen no necesariamente se dan golpizas de arrabal a la primera oportunidad.